Het NIN is aangesloten bij de volgende internationale overkoepelende organisaties:
- International Association of Institutes of Navigation (IAIN).
- European Group of Institutes of Navigation (EUGIN). De jaarlijkse European Navigation Conference wordt georganiseerd met de ondersteuning van EUGIN. De lokale organisatie roteert tussen de verschillende Europese navigatie-instituten. De European Navigation Conference van 2004, 2014 en 2023 werden georganiseerd door het NIN.
Het NIN is ook vertegenwoordigd bij de volgende organisaties:
- Werkgroep Verkenning Plaatsbepaling en Navigatie (Werkgroep VPN) – een gezamenlijke Werkgroep van Geo-Informatie Nederland en het NIN.
- Supervisory Board and Editing Committee van het European Journal of Navigation.
Daarnaast beheert het NIN de Stichting Jac Spaans Foundation (JSF) die het nationaal en internationaal verspreiden van kennis in het vakgebied van de navigatie en aanverwante vakgebieden als doel heeft.
Het NIN heeft ook een samenwerkingsovereenkomst met de Nederlandse Vereniging voor Ruimtevaart.